Suši se vyvinulo z nare-suši, což bylo jídlo z ryb kvašených v rýži. Prosolené ryby se na několik měsíců vložily do vařené rýže, případně směsi rýže a obilí. Zde pak probíhalo mléčné kvašení, které ryby konzervovalo a umožňovalo je dlouhodobě skladovat. Ryby jím také byly obohaceny o další živiny, které v syrových rybách nebyly. Rýže se nejedla, ale jako pouhý konzervační prostředek vyhazovala.Tento způsob uchovávání ryb pocházel pravděpodobně z jihovýchodní Asie s monzumovým podnebím, kde se ryby dostávaly hlouběji do vnitrozemí jen v období dešťů a bylo tedy třeba je pochytat a uskladnit do zásoby na suchá období. Do okolních zemí se šíril spolu se znalostí pěstování rýže, do Japonska se dostal přes Čínu neznámo kdy někdy v období Džómon (asi 10 tisíc let př.n.l. až do 4. stol. př. n.l.).
První písemná zmínka o suši pochází z období Nara, konkrétně z roku 718 n. l., ze zákoníku Yoro ritsuryo, jednoho z nejstarších japonských písemných pramenů, kde je zmíněno jakési zakono-suši jako způsob odvádění naturální daně; žádné informace o formě a způsobu přípravy tohoto suši ovšem uvedeny nejsou, nejspíše ale jde stále o typ nare-suši.
Historie klasického suši, jak ho známe dnes, začala až o mnoho později, teprve v 15. století v období Muromači (1333-1568), ve kterém kulinářství obecně zažilo svůj rozkvět - zrodily se různé školy vaření, stejně jako proslulý japonský čajový obřad. Doba fermentace nare-suši byla radikálně zkrácena a rýže se tak mohla přestat vyhazovat a byla konzumována spolu s částečně fermentovanou rybou.
Po roce 1600 došlo k dalšímu posunu s pokrokem ve výrobě rýžového octa, jehož přidání do suši dovolovalo vypustit zdlouhavou fázi kvašení. Kousky ryb se ochutily rýžovým octem, přidala se k nim rýže a lisovaly se do dřevěných krabiček. Odtud tehdejší názvy jako hako-suši (krabičkové suši), oshi-suši (stlačované suši) nebo haja-suši (rychlé suši).